Резултати

Резултати:

Stefanova K., Tomova I., Tomova A., Radchenkova N., Atanassov I., Kambourova M. Archaeal and bacterial diversity in two hot springs from geothermal regions in Bulgaria as demostrated by 16S rRNA and GH-57 genes. International Microbiology (in press), IF 1.326.

Margarita Stoilova-Disheva, Dimitrina Lyutskanova, Ivanka Boyadzhieva, Nadja Radchenkova, Margarita Kambourova. Unusually high archaeal diversity in Vlasa hot spring, Velingrad, Bulgaria, revealed by phylogenetic analysis. Участие в Семинар по екология с международно участие – 2016, София, 21-22.04.2016.

М Е Ж Д И Н Е Н   О Т Ч Е Т

За работата по проект Д03-100/05.06.2015 г.

по Програмата на Финансовия механизъм на Европейското икономическо пространство (EEA grants), мярка “Проекти за междуинституционално сътрудничество”

РАЗНООБРАЗИЕ И БИОТЕХНОЛОГИЧЕН ПОТЕНЦИАЛ НА ARCHAEA ОТ БЪЛГАРСКИ ГОРЕЩИ ИЗВОРИ

За периода 04.09.2015-31.12.2015 г.

1. Билборд

В изпълнение на Плана за публичност беше монтиран билборд на входа на Института, указващ финансирането на проект по ЕЕА програмата.

2. Уебсайт

В уебсайта на Института по микробиология, БАН (www.microbio.bas.bg), новини беше създадена страница, посветена на ЕЕА Програмата (http://microbio.bas.bg/IMB%20web%20page/microbio/Norwegia_Priekt_Kamburova_bg.html) , в която се включва информация за:

(a)  програмния оператор

(b)  ползвателите на гранта и контактното лице

(c)  размера на финансиране с ясно указание за механизма на спонсориране

(d)  предвидените активности по изпълнение на проекта от ЕЕА Програмата,

(e)  сътрудничеството с колектива от държавата донор, информация за планираната работа на български млад учен в Норвежката лаборатория

(f)   ролята на държавата донор в изпълнението на проекта

1. Управление на проекта

Чл. Кор. Найденски, Директор – Среща с управляващ орган, организиране на обществена поръчка, предложение за промяна на бюджета.
Антоанета Царева, Гл. Счетоводител – Обработване на финансовите документи, изготвяне списъците за обществена поръчка, изготвяне на финансовите отчети и контакти с управителния орган.

1. Научна дейност

По Дейност 2, Събиране на проби

За анализ на археалното биоразнообразие бяха избрани извори с различен геотермален произход и различни свойства на водата, предполагащи различие на археалните видове, които ги обитават, а именно Власа и Мизинка, Велинград и Сапарева баня.  Командировката до Велинград беше осъществена на 5-6.10.2015, а до Сапарева баня – на 31.10-1.11.2015 г. По един литър от пробите беше предаден за анализ химичния състав на водата, един от факторите, определящ видовете микроорганизми в нея. Анализът беше извършен във фирма Диал ООД.

 По Дейност 3, Изолиране на ДНК

Успешната детекция и характеризиране на микробната 16S рДНК в природни проби изисква екстракция на високомолекулна ДНК и адекватното й освобождаване от замърсители като някои органични киселини и йони, които инхибират следващия етап на амплификация.

Процедурата по изолация на тотална ДНК включваше филтриране на водата, третиране на филтъра с лизисен разтвор, по-нататъшна обработка с РНК-аза, протеаза и пречистване на ДНК.  В резултат на изпълнението на този етап успешно беше изолирана високо молекулна тотална ДНК.

 По Дейност 4, Амплификация на 16S рРНК ген и начало на конструирането на клонови библиотеки

А, Амплификация на 16S рРНК ген

Използването на 16S рРНК ген като маркерен ген за характеризиране на биоразнообразието позволява да се характеризира структурата на микробните съобщества в природата и се достигне до истинското разнообразие от биологични видове. Археалните ДНК-и бяха амплифицирани с универсалните за Археа праймери 21F и 958R. PCR продукт беше наблюдаван в две проби, Власа и Сапарева баня. В пробата от Мизинка продукт не беше наблюдаван.

Б, Лигиране на археалните 16S рРНК в плазмид и трансформиране в клетки на Е. coli

             Амплифицираните археални гени за 16S рРНК бяха лигирани във вектор и плазмидът беше трансформиран в компетентни клетки.  Бяха отбрани повече от 200 клона и тествани за коректност на инсерта.

  В, Групиране на клоновете според рестрикционните им профили

Разнообразието сред клоновете в библиотеката беше качествено оценено чрез АRDRA анализ (Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis). За установяване полиморфизъм между клонираните коректни 16S рРНК-гени, те бяха подложени на последователна рестрикция с два 4-базови ензима – MspI и HaeIII.

Въз основа на разнообразието в профилите, получени след рестрикция на 16S рДНК, 28 коректни клона бяха отнесени към 14 групи.

Г, Секвениране

По един представител от всяка рестрикционна група, общо 14  PCR продукта бяха изпратени за секвениране. Допълнително бяха изпратени за секвениране и шест археални клона от горещ извор в Левуново. Секвенирането беше проведено в южнокорейската фирма Макроген. Предстои анализ на получените резултати за изследваните 28 клона от библиотека Власа и шест от библиотека Левуново.  В следващия етап ще бъдат амплифицирани гените на оставащите клонoве от библиотека Власа, ще бъдат групирани в групи съгласно рестрикционните им профили, секвенирани и анализирани. Въз основа на получените резултати ще се разкрие археалното разнообразие в проучвания извор Власа.

 

В изпълнението на дейности 2, 3 и 4 са участвали следните членове на колектива:

1. Доц. Маргарита Камбурова
2. Главен асистент Надя Радченкова
3. Главен асистент Иванка Бояджиева
4. Главен асистент Маргарита Стоилова-Дишева
5. Главен асистент Димитрина Люцканова

 

13.01.2016                                                    Изготвил отчета:

      Доц. М. Камбурова                         

                                                                   Директор на ИмикБ:

Чл. Кор. Х. Найденски

М Е Ж Д И Н Е Н   О Т Ч Е Т

За работата по проект Д03-100/05.06.2015 г.

по Програмата на Финансовия механизъм на Европейското икономическо пространство (EEA grants), мярка “Проекти за междуинституционално сътрудничество”

РАЗНООБРАЗИЕ И БИОТЕХНОЛОГИЧЕН ПОТЕНЦИАЛ НА ARCHAEA ОТ БЪЛГАРСКИ ГОРЕЩИ ИЗВОРИ

За периода 01.01.2016-30.04.2016 г.

Уебсайт

В уебсайта на Института по микробиология, БАН (www.microbio.bas.bg), беше обновена страницата, посветена на проекта (http://microbio.bas.bg/IMB%20web%20page/microbio/Norwegia_Priekt_Kamburova_bg.html), в която беше включена информация за:

(a)   Публикационната активност на колектива и участието в конференция

(b)   Първият и вторият 4-месечни отчети

(c)   Галерия от снимки от научната дейност на колектива

 

Дейност 1, Управление на проекта

Чл. Кор. Найденски, Директор – Контрол за изпълнението на проекта.
Антоанета Царева, Гл. Счетоводител – Обработване на финансовите документи, модифициране на бюджета на проекта, изготвяне на финансовите отчети.

Доц. дбн М. Камбурова, ръководител на проекта:

– заседания на комисията за разглеждане, оценка и класиране на офертите за участие в открита процедура по доставка на материали, химикали и консумативи.

– модифициране на бюджета на проекта

– процедура по отпускане на кредит от БАН за покриване на разходите до получаване на последния транш по договора.

– участие в организираната на 30.03.2016 г. среща с ръководството на програмния оператор по програма BG09 „Фонд за стипендии на ЕИП“, на която се обсъди напредъкът в изпълнение на проектите за междуинституционално сътрудничество, финансирани по програма BG09.

 

Дейност 2, Експериментална работа

–          Заедно с норвежкия партньор Проф. Биркеланд бяха посетени горещи извори в Югозападна България и в района на Велинград. Бяха взети проби, които да бъдат използвани за изолиране на култивируеми археи.

–          В норвежката лаборатория с участието на докторант Николета Ботева, член на екипа, са използвани различни видове среди за култивиране и е постигнат растеж на смесени култури от 9 проби. Установена е способността им за синтеза на биотехнологично ценни ензими (ксиланаза, целулаза, гелан лиаза) в смесените култури. Предстои изолирането на чисти щамове, които ще бъдат изпратени в българската лаборатория за характеризиране.

–          В българската лаборатория продължи работата по конструиране на клонови библиотеки с ДНК, изолирана от горещ извор Власа, Велинград. За целта бяха продължени експериментите по проучване рестрикционните профили на клоновете и те бяха групирани в 57 групи въз основа на тяхната идентичност. По един представител от всяка група беше изпратен за секвениране във фирма Макроген. Колективът работи успешно в рамките на възможностите, т.е. с химикали и консумативи взети взаимообразно от колеги от института и други научни организации.

–          Беше сключен договор за доставка на система за анаеробно култивиране, чрез която да се култивират изпратените от Норвегия щамове. Пристигащите елементи на системата се сглобяват. 

 

По Дейност 3, Обмяна на визити

–          В периода 3-7.01.2016 г. на посещение в България беше норвежкият партньор Проф. Нилс-Каре Биркеланд. Той участва в съвместни командировки в Югозападна България и района на Велинград.  Срещна се с работния колектив и се проведе дискусия върху особеностите в култивирането на археите.

–          На 10.01.2016 г. докторант Николета Ботева, член на екипа, замина за 6-месечна работа по проекта в лабораторията на проф. Нилс-Каре Биркеланд, Факултет по биология с център по геобиология, Университета в Берген, Берген, Норвегия.

 

По Дейност 4, Информация и публичност

–          Резултатите, получени от клоновите библиотеки на 16S рРНК ген и амилазен ген от Левуново и Ветрен дол бяха обобщени в публикация, подадена и приета за печат в списание International Microbiology, Импакт Фактор 1.326:

Stefanova K., Tomova I., Tomova A., Radchenkova N., Atanassov I., Kambourova M.Archaeal and bacterial diversity in two hot springs from geothermal regions in Bulgaria as demostrated by 16S rRNA and GH-57 genes. International Microbiology (in press), IF 1.326..  

–          Колективът участва в „Семинар по екология – 2016“, с международно участие с постер:

Margarita Stoilova-Disheva, Dimitrina Lyutskanova, Ivanka Boyadzhieva, Nadja Radchenkova, Margarita Kambourova. Unusually high archaeal diversity in Vlasa hot spring, Velingrad, Bulgaria, revealed by phylogenetic analysis. Участие в Семинар по екология с международно участие – 2016, София, 21-22.04.2016.

 

30.04.2016                                                        Изготвил отчета:

Доц. М. Камбурова

Директор на ИмикБ:

Чл. Кор. Х. Найденски

ФИГУРИ.PDF

М Е Ж Д И Н Е Н  О Т Ч Е Т

 

За работата по проект Д03-100/05.06.2015 г.

по Програмата на Финансовия механизъм на Европейското икономическо пространство (EEA grants), мярка “Проекти за междуинституционално сътрудничество”

 

РАЗНООБРАЗИЕ И БИОТЕХНОЛОГИЧЕН ПОТЕНЦИАЛ НА ARCHAEA ОТ БЪЛГАРСКИ ГОРЕЩИ ИЗВОРИ

 

За периода 01.05.2016-31.08.2016 г.

 

1. Уебсайт

• На страницата на проекта в уебсайта на Института по микробиология, БАН (www.microbio.bas.bg) беше сложена информация за предстоящата през септември конференция
• Беше качен третия 4-месечен отчет по проекта.

 

1. Научна дейност

По Дейност 1, Управление на проекта

В тази дейност са участвали със следните активности:

Чл. Кор. Найденски, Директор – Контрол за изпълнението на проекта.
Антоанета Царева, Гл. Счетоводител – Обработване на финансовите документи, изготвяне на финансовите отчети.

Ръководителят на проекта Доц. дбн М. Камбурова – в:

– Приключване на процедурата по обществена поръчка за доставка на химикали.

– Подготвени са и са подписани договори със спечелилите по отделните позиции фирми.

– Приети са доставените химикали.

– Започната е работа по организация на конференцията – изготвяне на съобщения, регистрационни форми, покани до фирми.

 

По Дейност 2, Експериментална работа

• Доставената със средства на договора анаеробна система за култивиране на термофилните микроорганизми е пусната в действие. Приготвени са селективни хранителни среди за култивиране и изолиране на Thermoproteales, Thermofilum sp., Caldiarchaeumsubterraneum, Thermococcus sp., Methanocaldococcus sp. Получени са компетентни клетки на E. coli за експресия на термостабилна липаза изолирана от метагеном на геотермален извор. Изготвяне на селективни среди за синтеза на ензими, разграждащи Amylose, Cellulose и Chitosan, Dextran и, Xyloglucan, Arabinoxylan, Curdlan, Galaktan и Glucan, Galactomanan, Arabinan, Pullulan, Casein
• В норвежката лаборатория с участието на докторант Николета Ботева, член на екипа, е направено секвениране на метагеномите на осем микробни съобщества и са получени следните резултати:

Проба/Среда	Брой контиги	Средна дължина (bp)	Идентифицирани ензими с индустриално приложение, брой контиги
Rupi 1 седименти	134548	628	Ксиланаза 7 Целулаза 1 Alpha-амилаза 1 Липаза 4 Пулуланза 5 Протеаза 35
Rupi 2.1 седименти	78 698	1 007	Ксиланаза 1 Целулаза 1 Гликозидаза 1 Протеаза 21 Липаза 5
Rupi 2.2 седименти	182	40 381	Ксиланаза 1 Целулаза 1 Гликозидаза 1 Alpha-амилаза 1 Протеаза 14
Vlasa седименти	353	32 425	Ксиланаза Гликозидаза 1 Alpha-амилаза 3 α – манозидаза 4 Хитиназа 1 Протеаза 40
Levunovo xylan	1 280	6 089	Ксиланаза 7 Целулаза 1 Гликозидаза 1 Alpha-амилаза 5 Протеаза 41 Хитиназа 1
Mizinka pepton	2 333	3 873	Ксиланаза8 Целулаза 1 α and β-манозидаза 9 Протеаза31 Хитиназа1
Mizinka xylan	1 727	5 175	Ксиланаза 7 Целулаза 1 Амилаза 6 Гликозидаза 1 β–манозидаза 1 Хитиназа 1 Протеаза 32
Sandansky xylan	1 979	4 411	Ксиланаза 4 Амилаза 4 Гликозидаза1

 

Изолирани са като чисти култури пет микробни щама, три от които при идентифицирането се оказаха представители на видовете Thermotoga caldifontis и Dictyoglomus thermophilum.

 

По Дейност 3, Обмяна на визити

• В периода 05-09.08.2016 г. на посещение в България беше норвежкият партньор Проф. Нилс-Каре Биркеланд. Той участва в подготовката на предстоящата през септември конференция. Беше съставена съвместно работна програма на конференцията. Беше посетена лабораторията по биотехнология към Институт по микробиология, БАН гр. Пловдив. Проф. Биркеланд се срещна с работния колектив и се проведе дискусия върху получените досега резултати, по-нататъшните действия в опознаване на термофилните археи, възможностите за апликиране по европейски проекти.
• В периода 14-19.06.2016 доц. Камбурова посети лабораторията на проф. Нилс-Каре Биркеланд, Факултет по биология с център по геобиология, Университета в Берген, Берген, Норвегия и се запозна с практиките по култивиране на екстремално термофилни анаероби.

 

По Дейност 4, Информация и публичност

Колективът взе участие в международна научна конференция в Лондон:

Margarita Stoilova-Disheva, DimitrinaLyutskanova,Ivanka Boyadzhieva, Nadja Radchenkova, Nicoleta Boteva, Nils-Kåre Birkeland, Margarita Kambourova „Phylogenetic analysis reveales anovel and extremely diverse archaeal community in the Vlasa hot spring, Velingrad, Bulgaria”, Focused Meeting 2016: Molecular Biology of Archaea 5, 01-03.08.2016, Лондон, Англия.

 

 

30.08.2016 Изготвил отчета:

Доц. М. Камбурова

 

Директор на ИмикБ:

Чл. Кор. Х. Найденски