ЛАБОРАТОРИЯ ПО МИКРОБИОЛОГИЯ НА ОКОЛНАТА СРЕДА И ГЕОМИКРОБИОЛОГИЯ

     ЛАБОРАТОРИЯ ПО МИКРОБИОЛОГИЯ НА ОКОЛНАТА СРЕДА И ГЕОМИКРОБИОЛОГИЯ

Гл. ас. д-р Диляна Симеонова 
e-mail: dsimeonova@microbio.bas.bg
Тел.:  +359 2 979 3115

Лаборант Мария Маринова Йорданова 
e-mail: jordanovamaria@microbio.bas.bg
Тел.:  +359 2 979 3115

Основни теми - Геомикробиологията поставя в центъра на изследванията бактерии, трансформиращи неживата природа в жива или обратното. Тези бактерии участват и осъществяват биогеохимичните цикли на елементите в природата– например: Арсен (As), фосфор (P), Азот ( N) , сяра ( S), желязо (Fe) и практически всеки химичен елемент– негово или негови неорганични съединения, които се трансформират основно посредством окислително–редукционни реакции, както и други химични реакции, катализирани от бактериите. В хода на процесите, някои бактериални видове получават енергия за клетката, която натрупват под формата на АТФ и която се използва за синтез на първична биомаса–т.е растеж и развите/намножаване, други извършват тези процеси с цел намаляване на токсичността на някои форми на елементите/техни йони в средата или с цел асимилативни нужди.
     В Геомикробиологията като дял от Микробиологията и Микробиологията на околната среда, се обединяват и прилагат различни методи и техники на анализ: класически микробиологични техники с молекулярна микробиология, протеомика, биохимия, аналитична химия и други.

ТЕКУЩИ

• Международен проект по европейската програма ФЛАГЕРА, Графен (основни изследвания): „Биологично разграждане на графенбазирани наноматериали от естествени бактериални видове“,  акроним ДеГраф, финансиран от Фонд Научни Изследвания, декември 2021г.  Страни участници в международния научен консорциум, финансирани по програмата: Франция, България и Германия, други участници са Испания и Италия. Ръководител на проекта Проф. Д. Лиевремонт, Франция.

https://www.flagera.eu/funded-projects/

ПРИКЛЮЧИЛИ

• „Анаеробно бактериално окисление на фосфит“, финансирано от Немското Научноизследователско Дружество (Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG) GZ: SI 1300/1-1.

•  „Анаеробно окисление на фосфит генетични и ензиматични изследвания“, финансирано от Немското Научноизследователско Дружество (Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG) GZ: SI 1300/4-1.

•  Международен проект: „Активни микробни съобщества в екосистеми замърсени с арсен: структурно и функционално разнообразие“, акроним MICACE, Финансиран от FRANCE GENOMIQUE, „Large-scale genomic projects“, от 2017 участник за България.

• Poehlein A, Najdenski H, Simeonova DD., (2017). Draft genome sequence of Flavobacterium succinicans strain DD5b. Genome Announcements,  5(2). doi: 10.1128/genomeA.01492-16
• Poehlein A, Daniel R, Simeonova DD., (2015). Genome sequence of Pedobacter glucosidilyticus DD6b, isolated from zooplankton Daphnia magna. Stand Genomic Sci 2015, 10(1):1-9. doi: 10.1186/s40793-015-0086-xPoehlein A, Daniel R, Schink B, Simeonova DD., (2013). Life based on phosphite: a genome-guided analysis of Desulfotignum phosphitoxidans. BMC Genomics 2013;14(1):753. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/14/753
• Simeonova D.D., Wilson M.M., Metcalf W.W., Schink B., (2010). Identification and heterologous expression of genes involved in anaerobic dissimilatory phosphite oxidation by Desulfotignum phosphitoxidans. J Bacteriol 192(19):5237-5244.  doi: 10.1128/jb.00541-10
• Simeonova D.D., Susnea I., Moise A., Schink B., Przybylski M. (2009) “Unknown-genome”-proteomics: A new NAD(P)-dependent epimerase/dehydratase revealed by N-terminal sequencing, inverted PCR and high resolution mass spectrometry. Mol Cell Proteomics 8 (1): 122-131. doi: 10.1074/mcp.M800242-MCP200
• Muller D., Medigue C., Koechler S., Barbe V., Barakat M., et al. (2007) A tale of two oxidation states: Bacterial colonization of arsenic – rich environments. PLoS Genet 3(4):e53. doi:10.1371/journal.pgen.0030053.
• Simeonova D.D., Micheva K, Muller D.A.E., Lagarde F., Lett M.-C., Groudeva V.I. and Lièvremont D.(2005) Arsenite oxidation during batch cultures with alginate-immobilized Cenibacterium arsenoxidans. Biotech Bioeng.91 (4) 440-446. doi: 10.1002/bit.20530
• Simeonova D.D., Lievremont D., Lagarde F., Muller D.A.E.,Groudeva V.I. and Lett M.-C.(2004) Microplate Screening Assay for the Detection of Arsenite-Oxidizing and Arsenate-Reducing Bacteria. FEMS Lett. 237 (2) 249-253. doi: 10.1016/j.femsle.2004.06.040