Институт по микробиология “СТЕФАН АНГЕЛОВ”
Член на международната асоциация на институтите Пастьор
Ръководител: Доц. д-р Анастас Пашов
Тел.: +359 2 979 63 48
E-mail: a_pashov@microbio.bas.bg
Scopus ORCID LinkedIn ResearchGate
СЪСТАВ: |
Доц. д-р Петя Димитрова
Тел.: +359 2 979 31 31
E-mail: petya_dimitrova@web.de
Scopus ORCID LinkedIn ResearchGate
Гл. ас. д-р Милена Лесева
Тел.: +359 2 979 31 31
E-mail: mlesseva@microbio.bas.bg
Scopus LinkedIn ORCID
Ас. д-р Петър Петров Дончев
Тел.: +359 2 979 31 31
E-mail: petardonchev@microbio.bas.bg
Специалист Мартина Иванова
Тел.: +359 2 979 31 31
Консултанти:
Проф. Чавдар Василев
E-mail: vassilev@microbio.bas.bg
Scopus ResearchGate
Гл. ас. д-р Иглика Джумерска-Алексиева
E-mail: djoumer@microbio.bas.bg
Scopus ResearchGate
ДИПЛОМАНТИ:
София Геройска:
Дипломна работа: Ефект на глюкозата върху клетъчната диференциация и функция на човешка клетъчна линия HL60
Защитена на 11.11.2021
Нов Български Университет, Департамент "Биологически науки"
Бакалавърска програма: "Биология и обща микробиология"
Мартина Иванова:
Дипломна работа: Роля на неутрофилите в кожно възпаление
Защитена на 11.11.2021
Нов Български Университет, Департамент "Биологически науки"
Бакалавърска програма: "Биология и обща микробиология"
Биляна Милева:
Дипломна работа: Eфект на сиртинол върху гранулоцитната диференциация, индуцирана в условия на хипергликемичен шок
Защитена на 20.05.2023
Нов Български Университет, Департамент "Биологически науки"
Бакалавърска програма: "Биология и обща микробиология"
Иван Куюмджиев:
Дипломна работа: В промени в неутрофили при остър системен възпалителен отговор в бял дроб
Защитена на 18.03.2024 г.;
Нов Български Университет, Департамент "Биологически науки"
Бакалавърска програма: "Биология и обща микробиология"
Валентина Иванова:
Дипломна работа: Влияние на микропластмаса върху човешки гранулоцити
Защитена на 18.03.2024 г.;
Нов Български Университет, Департамент "Биологически науки"
Бакалавърска програма: "Биология и обща микробиология"
Ивета Узунова:
Дипломна работа: Антипролиферативен ефект на екстракт от Stephania dielsiana
Защитена на 18.09.2024 г.;
Нов Български Университет, Департамент "Биологически науки"
Бакалавърска програма: "Биология и обща микробиология"
Никол Латинова:
Дипломна работа: Анти-възпалителен ефект на Тetrahydropalmatine (THP)
Защитена на 18.09.2024 г.;
Нов Български Университет, Департамент "Биологически науки"
Бакалавърска програма: "Биология и обща микробиология"
СТАЖАНТИ:
Ванеса Василева - Нов Български Университет
Елена Кескинова – Eberhard Karks Universitat Tubingen
ALUMNI:
Шина Пашова – докторант
Виктор Костов – специализант, лекар
Милена Тодорова - докторант
Виктория Миланова - докторант
Калин Стоянов – специализант, лекар
Кристиана Амирова - докторант
Валерия Гюрковска - дипломант
Мая Хаджиева – докторант
Йордан Димитров – докторант
Елисавета Войнова – докторант
ТЕКУЩИ НАУЧНИ НАПРАВЛЕНИЯ: |
Лабораторията по експериментална имунотерапия работи по проекти насочени в три направления. Общата им цел е извеждането на фундаменталните изследвания в областта на имунорегулацията до концепции и подходи, практически приложими в клиниката.
Направление 1:
Доц. д-р Анастас Пашов и неговата група работят върху нова системно-имунологична парадигма за анализ на антитяловите репертоари наречена игом. Създадената методология предлага инструменти за функционално изследване на съвкупността от всички антитела в даден организъм или на популационно ниво. На базата на този подход се разработва и диагностична платформа широко приложима в автоимунитета, онкологията, невродегенеративните заболявания и други състояния свързани с възпалителни и имунни механизми. По същество омикс технология, игомният подход е интердисциплинарен, включващ както генериране на големи библиотеки от пептидни мимотопи с помощта на фагови библиотеки и NGS, така и анализ на големи масиви от данни с помощта на биоинформатика, теория на графите и топологичен анализ на данни.
Проекти в направление 1:
№ Д03-103. Анализ на антитяловия репертоар с помощта на рационално подбрани пептидни масиви. ЕЕА програма, в колаборация с Университетска болница в Осло, Норвегия. 2015-2017. Ръководител – доц. Анастас Пашов,
Този проект демонстрира възможността големи игомни масиви от мимотопи (n×106) да бъдат представени от по-малки, представителни библиотеки (n×103). Последните адресират ефективно силно дегенерирания ИгМ репертоар (с много широка полиреактивност) и предоставят достатъчно разнообразие за да може от тях да се извлекат огромно число различни биомаркери за разнообразни състояния, напр.: - различни мозъчни тумори. Отделният биомаркер представлява набор от пептидни мимотопи (n<102), реактивностите към които представляват специфичен профил с диагностична стойност. За целта се използва машинно обучение, включващо многоетапен подбор на маркерите (feature selection) и създаване на in silico модели на базата на support vector machines (SVM). Търсенето на хомоложни секвенции в човешкия протеом показа, че най-характерно за диагностичните пептиди е, че са мимотопи на CDR3 участъка (J-region) на други човешки антитела. Така, неочаквано, най-съвременната технология за изследване на антитяловия репертоар ни върна към една забравена теория – за идиотипната мрежа. № ДН 01-11. Протеомен анализ на репертоара от ИгМ антитела при пациенти с мозъчни тумори. ФНИ. 2017-2021, Ръководител – доц. Анастас Пашов,
В хода на изследванията на реактивности на серумен ИгМ от пациенти с мозъчни тумори към 4500 пептида от известни човешки туморни антигени беше разработен подход за представяне резултатите от такива високо продуктивни тестове за антитялова реактивност под формата на граф от кръстосани реактивности. Голямата полиреактивност на ИгМ антителата оправдава такъв подход. Оказа се, че основен фактор, определящ топологията на графа от ИгМ реактивности е реактивността към кръвногрупови антигени. Както и преди, успяхме да покажем възможността от тези данни да се извлекат профили от пептидни реактивности, които класифицират различни мозъчни тумори (валидирано с „leave onе out“ алгоритъм). № КП-06–Н 1/14. Профил на антифосфолипидната антитялова реактивност при жени с хабитуални аборти. ФНИ, 2019-, Ръководител – гл.ас. Шина Пашова, ИБИР, БАН,
В този проект беше показано, че игомът може да разкрие интимни механизми на автоимунните заболявания. При антифосфолипиден синдром, където автоантителата асоциирани с патологията са от клас ИгГ, репертоарът от ИгМ (вероятно естествени) антитела показва белези на рестрикция или, казано просто, в него има „дупки“ в сравнение с този у здрави индивиди. В този проект въведохме представянето на игома като граф от секвенции на мимотопи свързани когато споделят обща подсеквенция от 5/7 аминокиселинни остатъка. Това условие беше определено чрез сравнение на изоспецифични двойки мимотопи с двойки случайно подбрани пептиди. Използването на графи отключва богат набор от математически инструменти от теория на графите, а в перспектива, и на топологичния анализ на данни (TDA). № КП-06-Н33/5. Сравнителна характеристика на екзомни спектри и антитялов репертоар при български пациенти с Алцхаймер, фронто-темпорална и неуточнена деменция. ФНИ, 2020-2024, Ръководител – проф. Драга Тончева (доц. Сена Карачанак-Янкова), МУ София,
Първите резултати от този проект показват, че ИгМ игомът различава видовете деменция и то по-добре от ИгГ репертоара. Тук беше използвана оптимизираната библиотека от ИгМ мимотопи от първият ни проект. За изобразяването на графа от реактивности (реаграф) за първи път беше използван спектрално влагане (spectral embedding) или собствените вектори на Лапласиана на графа в комбинация с метода UMAP, който всъщност използва TDA. № КП-06-ДК1/5 SARSIMM. Търсене на лиганди, деблокиращи вродения имунен отговор в заразени със SARS-Cov-2 вирус клетки. ФНИ, 2022-2024, Ръководител – проф. Леандър Литов, СУ, София, № KП-06-H37/24. Иновативна интегрирана платформа за интелигентно управление и анализ на потоци големи данни за биомедицински научни изследвания. ФНИ, 2020-2024, Ръководител – доц. Веска Ганчева, ТУ, София, COST Action 2023: EUTOPIA - European Topology Interdisciplinary Action, проф. Невена Илиева-Литова, ИИКТ, БАН, № KP-06-China-10/2020. Нов метод за in silico дизайн на пептидни биотерапевтици на базата на циклотиди. ФНИ, 2020-2023, Ръководител – проф. Невена Илиева-Литова, ИИКТ, БАН. Публикации в направление 1: 1. Pashova-Dimova, S., P. Petrov, S. Karachanak-Yankova, A. Pashov. Патенти, свързани с направление 1: WO2014US49309 20140731/US 61860827: Kieber-Emmons Thomas [USA]; Pashov Anastas [USA]; Karbassi Behjatolah [USA]. Compositions For And Methods Of Treating And Preventing Cancer Targeting Tumor Associated Carbohydrate Antigens. 67568/ 05.09.2023: Велизар Стефанов ШИВАРОВ [BG]; Анастас Димитров Пашов [BG]; SARS-CoV-2-специфични В-клетъчни епитопи. Направление 2 (www.projectimmunolbg.com): Направление 2 се развива от доц. Петя Димитрова с цел разработване high-content cellomics платформа за скрининг на лекарствени средства. Усилията са насочени към прилагане на прецизен мулти-параметричен анализ при изследване на функционални промени в клетки от вродения имунитет след третиране с вещества от природен произход, нискомолекулни инхибитори на хистон деацетилазите, инхибитори на кинази и транскрипционни фактори, свързани с метаболитни сигнални пътища или екзополизахариди. Крайната цел е да бъдат идентифицирани нови терапевтични средства, таргетиращи популациите на миелоидни клетки (гранулоцити и неутрофили) и техни прекурсори, и прилагането на тези подходи за лечение на автоимунни заболявания, заболявания, в чиято патология се наблюдава хронично възпаление, и аномалии в имунния отговор, както и при състояния на свърхактивиране и/или имуносупресия. В последните години, фокусът на екипа включва охарактеризиране на епигенетичните механизми (отваряне на хроматина, генна експресия и функционален анализ), задвижени при протективен отговор при инфекция, протичаща едновременно с хронично възпаление. Проекти в направление 2: 2022-2024: FNI КП-06-М61/6: Изследване на ефекта на канабидиол в комбинация с Imatinib върху експресията на екзозомни и клетъчни микроРНК в in vitro модел на хронична миелоидна левкемия. Ръководител: Д-р Петър Дончев. Институт по микробиология „Стефан Ангелов“, София, България. 2022-2023: Национална програма „Млади учени и докторанти-2: „Биоинформационен транскриптомен анализ на ефекта на канабидиол върху клетъчната линия К562, модел на хронична миелобластна левкемия”. Ръководител: д-р Петър Дончев. Институт по микробиология „Стефан Ангелов”, София, България. 2020-2023: ACIP, m6A_RAIAV: The lung epitranscriptome and chromatin accessibility landscape in rheumatoid arthritis complicated by the flu. Coordinator: Milena Leseva, Stephan Angeloff Institute of Microbiology-Sofia, Bulgaria; CoPI: Dr. M. Hasan, Institut Pasteur-Paris, France; CoPI: C. Barbezange, Sciensano-Brussels, Belgium. Проектът има за цел да характеризира молекулярните механизми на епигенетичен контрол при инфекции и да тества хипотезата, че епитранскриптомни модификации на иРНК, по-специално N6-метиладенозин (m6A), индуцирани от възпалителната среда, както и свързаните с ревматоиден артрит клетъчно-специфични промени в достъпността на хроматина изострят имунната система на гостоприемника и допринасят за увреждането на белодробната тъкан по време на респираторна вирусна инфекция.
2017-2021: FNI, ДН11/05: Sirtuins (SIRTs) – new targets for fine selective epigenetic regulation of joint inflammation pathology during influenza infection. PI: Assoc. Prof. Petya Dimitrova, Stephan Angeloff Institute of Microbiology-Sofia, Bulgaria; CoPI: Dr. Lora Simeonova, Department of Virology, Institute of Microbiology-Sofia, Bulgaria. 2011-2013: ACIP/A05_11. The role of neutrophils and NK cells in the development of collagenase-induced osteoarthritis. PI: Assoc. Prof. Petya Dimitrova, Stephan Angeloff Institute of Microbiology-Sofia, Bulgaria, in collaboration with Prof. Angela Santoni, University La Sapienza-Rome, Italy and Dr. Crina Stavaru, Cantacuzino Institute-Bucharest, Romania. Проектът има за цел да изследва ролята на неутрофилите и NK клетките в патогенезата на остеоартрит и да насочи изследванията към нови подходи за терапия на заболяването.
2012 DO2 538/12: Ministry of science, education and youth; EU program Science and Business BG051 PO001/3.3 05 0001: Abrogated RANKL expression in properdin-deficient mice is associated with better outcome from collagen-antibody-induced arthritis. PI: Assoc. Prof. Petya Dimitrova, The Stephan Angeloff Institute of Microbiology-Sofia. Проектът има за цел да докаже връзката между вродения имунитет (комплемент) и костната деструкция в патогенезата на остеоартрит и да насочи изследванията към нови подходи, базирани върху регулация на алтернативния път на активиране на коплемента за терапия на заболяването. 2007-2010 NATO/EAG.RIG 982937/2007: Prevention of shock and multiple organ dysfunction by protein kinase inhibitor tyrphostin, PI: Assoc. Prof. Petya Dimitrova, The Stephan Angeloff Institute of Microbiology-Sofia, Bulgaria. Проектът има за цел да изследва действието на инхибитори на JAK/STAT сигналния път като нов подход за терапия при системен възпалителен отговор и септичен шок. 2007-2010 NSF/POST-DOC 1005/07: Role of acute phase proteins in septic shock induced by Candida albicans. PI: Assoc. Prof. Petya Dimitrova, The Stephan Angeloff Institute of Microbiology-Sofia, Bulgaria. Награди: 2018: Assist. Prof. Milena Leseva: EMBL Corporate Partnership Programme fellowship 2017: Assoc. Prof. Petya Dimitrova: Fulbright Visiting Scholar Grant: Mentor Prof. Jennifer Jane Westendorf Lab of Regenerative Medicine, Department of Orthopedic Surgery, Mayo Clinic, Roch-ester, MN, USA. 2008-2011 Milena Leseva: International Fulbright Science & Technology Award (Фулбрайт сти-пендия за обучение в докторантска програма по Молекулярна Клетъчна Биология в САЩ-University of Florida, Gainesville, FL) 2008-2011 Milena Leseva: Grinter Fellowship (стипендия, отпускана на отлични студенти в докторантска програма-University of Florida, Gainesville, FL) Статии в направление 2: 1. Leseva, M.N., Buttari, B., Saso, L., Dimitrova, P.A. Infection Meets Inflammation: N6-Methyladenosine, an Internal Messenger RNA Modification as a Tool for Pharmacological Regula-tion of Host–Pathogen Interactions. Biomolecules (Special Issue: Advances in RNA as Diagnostic Biomarkers), MDPI, 2023, ISSN:2218-273X, DOI:doi: 10.3390/biom13071060, SJR (Scopus):1.07, JCR-IF (Web of Science):5.5
Направление 3 (www.projectimmunolbg.com): Направление 3 се развива от проф. д-р Чавдар Василев и последвано от проекти на доц. Анастас Пашов и доц. Петя Димитрова. То е водещо в изследванията на имунорегулаторните свойства на венозните имуноглобулинови препарати. Разработките са признати с компетенциите си и откритията си в областта на индуцираната полиспецифичност на антителата и особено, с впечатляващите резултати в експерименталната терапия на сепсис с модифицирани имуноглобулинови препарати. Проекти в направление 3: 2019-2021: FNI, KP-06-Russia-5. Polyspecificity of immunoglobulin A and G. PI: Prof. Petya Dimitrova, CoPI: Dr. Ekaterina Gorshkova, Lobachevski State University of Nizhni Novgorod, Russia. 2015-2021: FNI, DB 02-29: The physiological role and therapeutic potential of antibodies with induced polyspecificity. PI: Prof. Tchavdar Vassilev. 2012-2015: SNSF IZEBZO_142967: Design of modified immunoglobulin preparations with induced polyspecificity for passive immunotherapy of sepsis. PI: Prof. Tchavdar Vassilev. 2012-2014: ACIP A07-2012. Therapeutic potential of modified pooled IgM and IgG preparations in experimental severe inflammatory response syndrome (SIRS) and sepsis. PI: Prof. Tchavdar Vassilev. Статии в направление 3: 1. Gorshkova, EN, Lecerf, M, Astrakhantseva, IV, Vasilenko, EA, Starkina, OV, Ilyukina, NA, Dimitrova, PA, Dimitrov, JD, Vassilev, TV. Induced antigen-binding polyreactivity in human serum IgA. Immunobiology, 227, 3, Urban und Fischer Verlag GmbH und Co. KG, 2022, ISSN:0171-2985, DOI:doi.org/10.1016/j.imbio.2022.152213, 152213. SJR (Scopus):0.709, JCR-IF (Web of Science):3.152 Патенти, свързани с направление 3: EP 1 838 731 B1. T.L. Vassilev, J.D. Dimitrov. Use Of Ferrous Ions For Increasing The Immunoreactivity Of Immunoglobulin Preparations. 65787 B1. (54) Ч.Л. Василев, Й. Д. Димитров. Средство За Повишаване На Антиген-Свързващата Активност На Имуно-Глобулинови Препарати.
|
ул. “ Акад. Георги Бончев“
бл. 26, София, п. к. 1113
тел.: +359 2 979 31 57
+359 879 499 167
e-mail: micb@microbio.bas.bg
Лаборатория “Клетъчни биосистеми”
Пловдив, п.к. 4000
бул. ”Руски” 139
Ръководител: доц. д-р Васил Георгиев
Лаборатория “Метаболомика”
Пловдив, п.к. 4000
бул. ”Руски” 139
Ръководител: проф. д-р Милен Георгиев
Лаборатория “Екология на патогенните бактерии”
В. Търново, п.к. 5002
ул. ”Никола Габровски” № 78, ет.4
Ръководител: гл. ас. д-р Звездимира Цветанова